In der Küche verwenden wir normalerweise frisch geriebene Muskatnuss, weil ihr Aroma leicht flüchtig ist. Das Gewürz wird allgemein in Kartoffelgerichten, Suppen und Eintöpfen und in Feingebäck verwendet. Es eignet sich auch als Gewürz für Spinat, Blumenkohl, Rosenkohl, Kohlrabi, Rotkohl, Erbsen und Karotten sowie Pastinaken. Traditionell wird Muskatnuss auch zur Konservierung von Speisen verwendet, sie besitzt antiseptische und desinfizierende Wirkung. In der traditionellen indischen Medizin des Ayurveda wird sie gegen Durchfallerkrankungen eingesetzt.